La Colección Nacional de Reptiles del ICN tiene sus orígenes, junto a la colección de anfibios, en los años 1940. Las investigaciones de Emmett R. Dunn y Ernesto Osorno iniciaron el primer acervo de estos grupos en el ICN, consolidado en los años 1950 por Federico Medem y sus colaboradores. Durante la siguiente mitad del siglo, investigadores como Humberto Alarcón, Pedro Ruíz, María Cristina Ardila, Juan Manuel Renjifo y Vicente Rueda participaron en la curaduría de la colección. En esta época, Stephen Ayala donó ejemplares recolectados en todo el país junto a Fernando Castro, en un proyecto que generó un manuscrito inédito sobre reptiles de Colombia. La colección de reptiles y anfibios se dividió oficialmente en los años 1990, cuando Olga Victoria Castaño asumió su coordinación, sucedida por John D. Lynch y en 2008, por Martha Calderón, actual coordinadora. El consejo de la Facultad de Ciencias de la Sede Bogotá de la Universidad Nacional de Colombia en su sesión del 9 de julio de 2020 - Acta No. 14, aprobó la reorganización de todas las colecciones del Instituto de Ciencias Naturales por lo que la Colección de "zoología" ICN-MHN (RNC:5) cambio a 10 colecciones y a tener nombres propios por grupo taxonómico. Posteriormente, el Consejo de la Facultad de Ciencias de la Sede Bogotá en su sesión del 12 de septiembre de 2024 - Acta No. 27, tomo la decisión de aprobar la adición del nombre "nacional" al nombre de la cada Colección, por lo que la colección toma el nombre a partir de esa fecha de "Colección Nacional de Reptiles" y el acrónimo ICN-R. La misión de la colección es preservar y documentar la diversidad de reptiles en el país, impulsando la investigación y la educación para fortalecer su conservación y profundizar en su sistemática y evolución. Como referente nacional e internacional, la colección fomenta la participación científica y comunitaria. También es un recurso esencial para estudiantes de pregrado y posgrado, de instituciones nacionales e internacionales, quienes realizan aquí sus trabajos de grado y tesis. Investigadores y usuarios de instituciones públicas y privadas consultan frecuentemente la colección como fuente para sus investigaciones. Actualmente, la colección cuenta con más de 21,000 ejemplares, entre catalogados y sin catalogar, que representan aproximadamente 475 especies del territorio nacional, lo que corresponde a un 76% de las especies de Colombia y cerca del 4% a nivel mundial. La representatividad por grupos incluye el 100% de las especies de cocodrilos, el 80% de tortugas, el 67% de anfisbénidos, el 77% de lagartos y el 64% de serpientes. Algunos ejemplares provienen de donaciones de museos de Ecuador y Estados Unidos, y están preservados ejemplares de todas las ecorregiones del país, siendo menos representadas la Orinoquía y la Amazonía. Contamos con individuos de 35 de las 42 especies amenazadas en Colombia.