El herbario MEDEL es una colección científica de especímenes botánicos secos prensados y en menor número en otros medios de montaje (ej. colecciones en líquido, tejidos deshidratados y carpoteca) que sigue estándares internacionales para la organización, curaduría y preservación. La colección de preparados de polen del laboratorio de paleoecología de la sede está asociada al herbario a traves de numerosos especímenes de referencia usados para extraer el polen. En el herbario se encuentran depositadas a Octubre de 2024 alrededor de 77.000 especímenes botánicos (más del 95% catalogados) comprendiendo alrededor de 9.500 especies que documentan una importante porción de la diversidad de flora de Colombia con especial énfasis en la del departamento de Antioquia. El herbario posee más de 400 especímenes tipo (y adicionalmente más de 600 paratipos). Los especímenes tipo principales se encuentran digitalizados y disponibles para su consulta en la base de datos en línea de tipos plants.jstor.org. El herbario MEDEL fue fundado en 1927 y posee alrededor de 23.000 ejemplares históricos colombianos colectados entre 1849 y 1970, muchos de ellos en áreas hoy completamente transformadas. Por otro lado, posee un número importante de colecciones europeas y norteamericanas del siglo 19 (desde 1821) y principios del siglo 20 recibidas como intercambio en sus años iniciales. Entre los recolectores botánicos históricos se destacan Rafael A. Toro, Andrew Archer, Walter Hodge, Fred A. Barkley, Sigifredo Espinal, Hermano Daniel (y otros hermanos Lasallistas), Gabriel Gutiérrez y Darío Sánchez S. El herbario MEDEL fue institucionalizado por la Facultad de Ciencias mediante Acuerdo 02 Acta 95-05-22 de 1995. Su misión es generar conocimiento sobre la diversidad florística de Colombia y en especial la del noroccidente del país, a partir de la preservación, curaduría y continuo enriquecimiento de su colección de especímenes botánicos, material botánico accesorio y bibliografía especializada; contribuyendo con los pilares misionales universitarios de la docencia, investigación y extensión a la sociedad. Hacia el futuro, el Herbario MEDEL se espera consolidar como uno de los principales herbarios de Colombia con especial representación de flora de zonas de páramo, bosques andinos, bosques secos y plantas de importancia económica. También busca consolidar su papel como museo de historia natural y centro de investigación científica con impacto en la construcción y conservación del patrimonio cultural, social y ambiental del país.