En el MMUNM se encuentran depositados alrededor de 11000 especímenes de hongos fitoparásitos colectados en Colombia y otros países. La Colecciones de hongos fitoparásitos comenzaron en la antigua Escuela Nacional de Agricultura fundada por el gobierno del Departamento de Antioquia en el año de 1914. El Museo Micológico de la Universidad Nacional de Colombia sede Medellín fue creado en 1983 (Acuerdo 01 de 1983 de la Facultad de Ciencias), desde entonces se ha conseguido reunir y estudiar la mayor colección de Uredinales del departamento de Antioquia. En el proceso de colección y estudio de los especímenes de hongos depositados en el MMUNM se ha contado con la colaboración de investigadores nacionales y extranjeros, entre ellos: Carlos Chardón, Rafael Toro, W. Andrew Archer, Carlos Garcés, Rafael Obregón, J.J. Castaño, Gonzalo Ochoa, Pablo Buriticá, Víctor Manuel Pardo Cardona y Mauricio Salazar Yepes. Esto hace que el Museo Micológico sea considerado una de las colecciones micológicas más importantes de Colombia, por sus colecciones históricas y actuales, que muestran la gran diversidad de la micobiota de Antioquia y Colombia