Colombia es uno de los países con mayor biodiversidad y riqueza hídrica del mundo, lo que incluye el geo-ecosistema kárstico del Magdalena Medio. Este integra no sólo un sistema de geoformas, sino la vida que allí se encuentra, además de agua, gases, suelos y roca, donde la perturbación de cualquiera de estas variables impacta el resto del sistema. Esto significa que es supremamente sensible a los impactos de las actividades humanas como la deforestación, el turismo, la minería y la ganadería. Sin embargo, para definir y cuantificar el grado de intervención del sistema kárstico en el tiempo, es necesario contar con una excelente línea base, es decir, el conocimiento de las características del ecosistema antes de ser impactado, que permita contrastar y referenciar adecuadamente la dinámica del sistema, los procesos actuales y las respuestas a los cambios que registra. Proponemos así, un estudio multidisciplinario para entender un sistema kárstico de Colombia, desde una perspectiva histórica, esto es, identificando las fuentes de estrés y su respuesta a este estrés en una escala temporal, antes y después del Antropoceno. Para ello queremos estudiar en detalle los depósitos de guano acumulados en dos cavernas contrastantes, pero cercanas. El estudio busca determinar las variaciones en geoquímica, isótopos estables y mineralogía en estos depósitos de guano estratificados, además del registro de suelos y diatomeas en las cavernas, para una reconstrucción paleoecológica y paleoclimática. Estos métodos han demostrado constituir una potente herramienta para descifrar la historia ambiental, climática y arqueológica de una región. Al establecer la línea base y compararla con las variaciones del sistema en el tiempo, nos permitirá plantear metodologías que logren optimizar el uso adecuado y la conservación de este recurso, por medio de la elaboración de un índice de significancia y degradación.