El cáncer de pulmón es la principal causa de muerte por cáncer en el mundo (Siegel, et al., 2015). En Colombia, es la segunda causa de muerte por cáncer, muy cerca del cáncer de estómago (Pardo, et al., 2015). Las altas tasas de mortalidad que se han mantenido en aumento durante las últimas décadas, se han visto asociadas al diagnóstico tardío lo que limita su potencial tratamiento (Dela Cruz, et al, 2011). Adicionalmente, el mal pronóstico de la enfermedad está asociado a su gran variabilidad, nivel de severidad, duración, lugar de origen, sensibilidad y resistencia a los medicamentos en cada paciente (American cancer society, 2017). Los estudios genómicos basados en técnicas de secuenciación de última generación como ChIP-Seq, RNA-Seq y microarreglos, generan un gran volumen de datos de secuencias de DNA asociados con la regulación y expresión génica, los cuales son almacenados en repositorios informáticos públicos sin aplicar un análisis profundo de los datos, pues son utilizados por los investigadores para responder únicamente preguntas puntuales. Es interés de nuestro grupo de investigación realizar análisis más detallados de datos de interacción DNA-proteína y de expresión génica disponibles en las bases de datos internacionales, y de los datos que se generan experimentalmente en nuestro laboratorio con la técnica de ChIP-Seq, a través de la utilización lógica de múltiples herramientas bioinformáticas y bioestadísticas. Los análisis estadísticos y bioinformáticos nos permitirán identificar los genes a los cuales el factor de transcripción Runx2 regula su expresión, en células normales y tumorales. Lo anterior teniendo en cuenta el papel protagónico de los factores de transcripción en el inicio y progresión de procesos neoplásicos. Específicamente para Runx2 se ha determinado un papel fundamental en eventos de metástasis y apoptosis en cáncer de seno y próstata entre otros. Asimismo, el análisis generará información sobre las funciones biológicas y las vías de señalización asociadas a cada uno de los genes y a las redes de genes coexpresados, relacionadas con la progresión de la enfermedad. Los genes blanco del factor serán identificados a través del análisis de los resultados de la técnica ChIP-Seq de estudios de otros países que se encuentran almacenados en repositorios públicos, y de estudios de nuestro país obtenidos a partir de muestras de pacientes colombianos del Hospital Universitario San Ignacio (HUSI) diagnosticados con cáncer de pulmón provenientes del laboratorio de Estructura y función cromosómica del Instituto de Genética Humana de la Pontificia Universidad Javeriana. Los niveles de expresión de los genes blanco de Runx2 se estudiarán por medio del análisis de datos de microarreglos y RNA-Seq obtenidos de bases de datos, los cuales permitirán identificar los genes diferencialmente expresados, y construir redes de coexpresión de genes asociados al establecimiento de la patología tumoral. Enfocar los estudios de cáncer de pulmón en población colombiana a la nueva era genómica basándose en la aplicación de múltiples herramientas bioinformáticas y estadísticas de última generación en los datos, permitirá realizar un estudio más detallado y profundo de la función regulatoria del factor de transcripción en la enfermedad. De igual manera permitirá obtener información clave que mejore nuestra comprensión sobre cáncer y de esta forma generar un impacto en las técnicas de diagnóstico temprano de la enfermedad, y en el desarrollo de tratamientos específicos para nuestros pacientes.