La gran diversidad faunística y florística de la Reserva de Biosfera Seaflower está dada por la gran heterogeneidad de hábitats terrestres y marinos, lo que hace que tenga especies de importancia ecológica y económica. Sin embargo, existen diversos impactos externos e internos que los afectan, los cuales deben ser objeto de investigación para hacer un manejo sustentable de los ecosistemas estratégicos que proporcionan servicios ambientales a la población humana de estas islas. Por lo que es fundamental estudiar los componentes “estructurales” y “funcionales” de los ecosistemas, para conocer a mayor profundidad, la variación espacio-temporal de los hábitats y sus recursos, como es el caso de los peces arrecifales (recursos de particular importancia en la pesquería), especies de corales constructores de arrecifes e invertebrados de importancia comercial y funcional, sumadas a las características físico-químicas del agua. Esta investigación tiene el propósito de aportar conocimiento nuevo desde una perspectiva de ecología de comunidades y ecosistémica, para contribuir a la continuación de proyectos de conectividad ecosistémica versus el manejo sustentable, que se iniciaron desde el año 2009. Para ello se propone responder como está la conectividad existente entre los sistemas de manglares, pastos y arrecifes de coral en estas islas, donde se considerará la variación de cada época climática (seca – lluviosa), en el años 2015. Con lo cual se busca aportar propuestas para el manejo sustentable de las áreas marinas protegidas de las islas, y por lo tanto, de los habitantes de las islas.