Los mares y océanos que rodean las costas han servido de albergue a poblaciones humanas ya que estas proveen de alimento refugio y trabajo. En las últimas décadas se ha observado un alto crecimiento demográfico en las costas, la sobreexplotación de los recursos y los vertimientos de aguas negras han generado una fuerte presión sobre los ecosistemas costeros y marinos. La isla de San Andrés se ha destacado como unos de los puntos principales de centro de actividades turístico, comerciales y asentamientos de inmigrantes. Por tal motivo existe una alta demanda sobre los residuos líquidos. Anteriormente estos desechos recogidos por el alcantarillado y los residuos recogidos de pozos sépticos, se vertían desde un punto superficial costero ubicado en el sector de Schooner Bigth sin tratamiento. Consientes de las problemática que esta actividad genera sobre los ecosistemas costeros las autoridades competentes del Archipiélago encabezado por la empresa encargada del prestar el servicio del alcantarillado desarrollo el proyecto de la construcción del Emisario Submarino para la isla de San Andrés. Los emisarios submarinos aunque son de gran utilidad para el manejo de vertidos, no son la solución a los problemas de contaminación, los vertidos cortan las cadenas alimenticias completas afectando el ecosistema en general (Fortt, 2007). El objeto de este proyecto de investigación es identificar los efectos de los desechos del emisario en el los ecosistemas adyacentes por medio de la evaluación de algunos parámetros abióticos y bióticos (Fitoplancton, Zooplancton y Bentos), con el fin de aportar información que pueda ser utilizados en la mitigación de los daños por parte de las autoridades competentes.