Los cultivos transgénicos, han traído beneficios en la producción de alimentos y materias primas, pero simultáneamente, constituyen una amenaza real o potencial por sus posibles riesgos para la producción agropecuaria, la sostenibilidad de los agroecosistemas, la biodiversidad y la salud humana. Para el 2009, se estimó que en el Tolima se sembraron 1.266 hectáreas de maíz transgénico. Teniendo en cuenta que el maíz es una planta alógama, es importante realizar un monitoreo del flujo de genes desde el maíz transgénico hacia sus contrapartes no transgénicas sembradas en el Valle de San Juan (Tolima), con el fin de detectar si las variedades comerciales y las razas locales de la región están expuestas a un flujo de polen desde los cultivos genéticamente modificados y han incorporado dentro de su genoma los transgenes de las plantas transgénicas por hibridación. Este estudio constituye un insumo para el diseño de las medidas de bioseguridad que permitan garantizar el uso seguro de las tecnologías transgénicas en el país con el fin de asegurar la integridad genética de las variedades comerciales, las razas locales y las especies silvestres de maíz. El Convenio sobre Diversidad Biológica firmado en 1992 y ratificado por Colombia mediante la Ley 165 de 1994, establece que los Gobiernos deben acordar un Protocolo que establezca los procedimientos en la transferencia, manipulación y uso de los organismos genéticamente modificados (OGM). En el contexto anterior, Colombia expidió la Ley 740 de 2002 ratificando el Protocolo de Cartagena sobre Seguridad en la Biotecnología, el cual busca garantizar un nivel adecuado de protección en la transferencia, manipulación y utilización segura de los OGM que puedan tener efectos adversos para la conservación y utilización sostenible de la diversidad biológica. Teniendo en cuenta que en el territorio nacional ya se ha autorizado la liberación de cultivos transgénicos con fines agrícolas al medio ambiente y que existe poco conocimiento de la existencia de especies silvestres o de variedades nativas y comerciales relacionadas con OGM en Colombia, se hace necesario adelantar un proceso para fortalecer las medidas de bioseguridad que permitan garantizar su uso seguro y contar con la formación necesaria para la toma de decisiones en el monitoreo y seguimiento de los OGM con fines agrícolas liberados en el territorio nacional. El tema de la tesis surge del Convenio Interadministrativo entre el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial (MAVDT) y la Universidad Nacional de Colombia (UNC) que tiene como objeto desarrollar un modelo de flujo de genes para el seguimiento y monitoreo de organismos genéticamente modificados (OGM) liberados en el departamento del Tolima, en el marco de la implementación del Protocolo de Cartagena sobre Seguridad en la Biotecnología en Colombia.