El cangrejo araña del Caribe, Mithrax spinosissimus, es una especie señalada como Vulnerable –VU- en el Libro Rojo de Invertebrados Marinos de Colombia. Un estudio previo generó cebadores especie específicos para el estudio de este recurso y evaluó su utilidad en tres poblaciones del Caribe Colombiano; pero este aspecto es aún desconocido en otros sectores del Caribe. El presente trabajo pretende evaluar la genética de poblaciones en tres nuevos sitios con el fin de complementar el patrón de distribución de la variación genética de la especie en el Caribe colombiano. La información que se genere en el presente estudio es de gran utilidad para el manejo de poblaciones naturales de una especie importante en temas relacionados con seguridad alimentaria y pesquerías artesanales de subsistencia, puesto que dependiendo de los niveles hallados de estructuración y flujo genético se podrán aportar nuevos elementos para la conservación y manejo sustentable de este cangrejo de arrecife en el mar Caribe Colombiano. Adicionalmente, esta información permitirá complementar una tesis de doctorado en Ecología y genética de poblaciones de un estudiante de la Universidad nacional, Sede Medellín quien es beneficiario de una beca de doctorados nacionales de Colciencias de la convocatoria 528.