El microbioma vegetal se ha considerado como uno de los factores determinantes en la salud y productividad de las plantas. Una de las actividades benéficas de los microrganismos endófitos más empleada para mejorar la productividad agrícola es la actividad promotora de crecimiento. Múltiples estudios han demostrado que la inoculación de plantas con bacterias promotoras de crecimiento produce un cambio en la arquitectura de la raíz, aumentando su superficie, lo cual acelera el crecimiento de la planta. Esta actividad esta mediada por la producción de citoquinas y fitohormonas que afectan el desarrollo. El uso de microrganismos promotores de crecimiento se ha enfocado mayormente a cultivos de ciclo corto donde el efecto de crecimiento tiene repercusiones económicas directas sobre el productor. Sin embargo, este efecto benéfico puede tener aplicaciones en cultivos perennes como el cacao (Theobroma cacao L.). Estudios como el de Falcao y colaboradores (2014), señalan que los endófitos de cacao como Bacillus subtilis ALB628 pueden promover el crecimiento de plántulas injertadas. Por lo tanto, el análisis de la diversidad de endófitos de tejidos de cacao y su uso como inoculantes, es una alternativa para modular la actividad de la plántula y así mejorar la propagación de materiales regionales. En la actualidad el uso de la diversidad de cacao regional afronta grandes obstáculos. Los materiales regionales están adaptados a las condiciones ambientales de la región, no obstante, su propagación se dificulta por su bajo porcentaje de prendimiento en la injertación. Esta propuesta de investigación busca, primero explorar las diferencias y similitudes de las comunidades endofíticas (hongos y bacterias) de materiales regionales y porta injertos universales de cacao, con el fin de determinar si existe una relación entre estas comunidades endofíticas y el éxito en la injertación. Segundo busca aislar microorganismos endofíticos con capacidad promotora de crecimiento y evaluar su efecto en el éxito de injertación de materiales de cacao regionales. Este conocimiento permitirá desarrollar tecnologías para mejorar los esquemas de propagación de materiales del departamento de Nariño.