La comprensión de la dinámica funcional en los ecosistemas agrícolas a partir de una aproximación holística que transcienda el estudio de los microorganismos cultivables por las técnicas microbiológicas convencionales, permitiría tener una visión mucho más real de las características del suelo como soporte y sustrato de los cultivos. Este conocimiento nos permitiría identificar la actividad metabólica de la comunidad edáfica funcionalmente activa, realizar procesos de seguimiento de dicha actividad en un ecosistema particular, indicando de esta manera las capacidades de dicho ecosistema para el reciclaje de nutrientes y por ende sería un indicador muy importante de la capacidad agronómica en términos nutricionales de los suelos. Por otra parte este tipo de herramientas podrían ser empleadas para la identificación de patógenos del suelo inclusive aquellos que estando presentes a niveles bajos en el ecosistema, se presentan como asintomáticos para el cultivo. Inclusive el estudio de suelos considerados como supresores de enfermedades, podrían ser incluidos dentro de una estrategia de caracterización como la aquí propuesta, de tal forma que entendiendo su estructura funcional podamos predecir los elementos que hacen a dichos suelos “supresores de enfermedades”. Esta aproximación daría las pautas necesarias para replicar tal estructura en otros suelos y así conducir a la planeación racional de estrategias de mejoramiento y optimización de las condiciones microbiológicas de los suelos deficientes. El desarrollo de una herramienta de este tipo permitiría realizar una planeación detallada del manejo del suelo y de las estrategias fitosanitarias del cultivo de papa. De esta forma se podrían restaurar y/o optimizar los diferentes nichos metabólicos edáficos logrando así incrementar la capacidad agronómica en los cultivos a expensas del fortalecimiento microbiano (metabólico) del suelo. Una aproximación de este tipo pondría al sector papero en la vanguardia en términos del desarrollo de una agricultura de precisión, práctica que es la tendencia mundial hoy día para lograr la competitividad en los cultivos. El modelo propuesto para este proyecto es el estudio de suelos de tradición papera que hayan sido desde un inicio trabajados desde la estrategia de agricultura orgánica y tales suelos serán comparados con suelos similares que hayan sido sistemáticamente trabajados bajo los principios de agricultura tradicional, lo que implica la utilización de los protocolos de fertilización y manejo de plagas de origen químico.