La sabana de Bogotá alberga muchas especies de aves y cuenta con un gran sistema de humedales, más que cualquier otro sistema tropical-fluvial, pero sus aves en la parte genético molecular son poco descritas y por ende poco conocidas. Muchas pueden haber desaparecido y probablemente algunas podrán extinguirse, antes que los levantamientos de caracterización genética sean realizados. Hasta el momento se desconoce si los aislamientos naturales y antrópicos que ocurren y que van aumento, pueden impedir el flujo genético interpoblacional y propiciar acumulación de mutaciones en las poblaciones, favoreciendo la formación de reordenamientos genéticos y establecimiento de barreras biológicas. Por lo anterior el interés por la conservación de las especies Cistothorus apolinari y Gallinula melanops bogotensis por parte de este grupo de investigación. Cistothorus apolinari hernandezi habita los paramos húmedos del Sumapaz, al sur de Bogotá difiere la subespecie nominal de los humedales del Altiplano Cundiboyasence en tamaño, ecología, estructura social pero no se ha hecho ninguna diferenciación a nivel molecular de estas dos subespecies, para lo cual queremos emplear marcadores moleculares entre individuos de dos humedales (Laguna de Fúquene y Lago de Tota) y dos Paramos (Paramo de sumapaz y Sierra Nevada del Cocuy). El empleo de este tipo de marcadores nos puede dar estrategias de conservación para estas dos subespecies ya que enfrentan amenazas diferentes y los estudios moleculares nos pueden dar estrategias de manejo para cada una de las subespecies dependiendo del grado de amenaza de estas poblaciones. Gallinula melanops bogotensis habita los humedales del Altiplano cundiboyasence, se encuentra en riesgo critico de extinción debido al declive drástico de su población en las dos últimas décadas. Se establecerán marcadores moleculares con muestras de ADN ya recolectadas de individuos de la Laguna de Fúquene, La Herrera y La Cabaña. El objetivo es obtener datos a nivel genético-molecular de Cistothorus apolinari y Gallinula melanops bogotensis con el propósito de analizar e implementar marcadores genéticos mtDNA y microsatélites que puedan ser usados en futuros inventarios y caracterización de aves endémicas. Los análisis DNA genomico y la secuenciación de genes del DNA mitocondrial, contribuirán a la obtención de recursos esenciales para conservación biológica de las especies de aves en extinción. Todos esos puntos pueden ser decisivos en la elección de los reproductores de posibles especies en peligro de extinción o en programas de reproducción en cautiverio, semi-libres y en el impacto de los procesos de extinción, recolonización de la diversidad génica tanto a nivel espacial como geográfica. Análisis de filogenias mediante diferentes algoritmos a partir de matrices de distancias genéticas, métodos de parsimonia y detección de las posibles especies o simplemente, poblaciones que son morfológicamente diferentes y se consideran subespecies. La filogenia tradicional es respaldada por el análisis del mtDNA y se puede observar si la divergencia molecular es grande o relativamente pequeña, para indicar sí existe la separación entre dos o más taxas.