El proyecto propone realizar un análisis genómico comparativo para establecer relaciones evolutivas de dominios ancestrales del sistema inmune en los cordados inferiores, grupo modelo para el estudio de patrones del desarrollo de los cordados. El trabajo se enfoca en la búsqueda inicial de dominios proteicos del sistema inmune y la caracterización de la organización genómica de elementos codificantes, no codificantes, elementos repetitivos y de señales reguladores en cis asociados a las posiciones genómicas de tales dominios. Mediante la integración automatizada de recursos computacionales y de software especializado, se propone la construcción de un plataforma que integre las predicciones de motivos de dominios del sistema inmune en un contexto de organización genómica vecina, para ser utilizada por la comunidad científica como soporte para la anotación de información derivada de nuevos inmunogenomas, de genomas en proceso de secuenciamiento o de secuencias de genes o de transcritos secuenciados de forma estandar. La aproximación evolutiva se centra en la búsqueda de relaciones de homología, principalmente ortología y paralogía, que permitan establecer relaciones sinténicas entre los bloques génicos estudiados de las respectivas especies. Con ello se propone comprender la historia evolutiva de los dominios del sistema inmune identificados. La organización genómica adyacente a los dominios de interés se caracteriza utilizando herramientas sofisticadas que buscan regiones estructuradas termodinámicamente estables a nivel genómico comparativo y la identificación automatizada de elementos repetitivos y de elementos reguladores de expresión. Para facilitar el estudio comparativo del grupo de ascidias y Cefalocordados se propone el ensamblaje del inmunogenoma de dos especies de ascidias Didemnum vexillium y Perophora viridis. La importancia de estas especies es fundamental para incrementar nuestro conocimiento sobre temas principales que se trabajan en la biología actual de punta del desarrollo y del sistema inmunológico y que hacen de éstos, organismos clave para mejorar nuestra comprensión sobre la formación de patrones en el desarrollo, y sobre los mecanismos moleculares e inmunológicos que median el reconocimiento de los individuos dentro de los agregados sociales o coloniales. Para el caso de D.vexillium, existe un particular interés en este grupo de trabajo, ya que esta especie es considerada altamente invasiva de los ecosistemas márinos del mundo. La especie no ha sido reportada para Colombia pero se espera, que en un futuro cercano los procesos de comunicación marina intensiva de los últimos años hacía el Pacífico, especialmente del Japón, sitio original de sobredispersión a nivel mundial, generen los primeros registros en las costas del mar Pacifico. Por tal motivo aunque no existen estudios de colecta en Colombia, la importancia de poseer información inmunogenética básica como la propuesta en este proyecto, es fundamental para el desarrollo a futuro de estrategias de control no convencionales y de efectos mecánicos de sobredispersión por efecto antrópico. De forma novedosa el presente proyecto integra los principios básicos de evolución molecular actual así como los nuevos conceptos de tendencia en biología de punta que busca integrar el contexto de organización genómica con fines de caracterización y posible identificación de elementos involucrados en co-regulación.