El herbario MEDEL es una colección de especímenes botánicos secos prensados y en menor número en otros medios de montaje (placas de polen, colecciones en líquido y carpoteca) que sigue estándares internacionales para la organización, curaduría y preservación de este tipo de colecciones. Incluye las colecciones de preparados de polen del laboratorio de paleoecología de la sede. En el herbario se encuentran depositadas a junio de 2021 alrededor de 75.000 especímenes botánicos (más del 95% catalogados) comprendiendo alrededor de 9.500 especies que documentan una importante porción de la diversidad de flora de Colombia con especial énfasis en el departamento de Antioquia. El herbario posee más de 400 especímenes tipo (de todas las categorías excepto paratipos) y adicionalmente más de 600 paratipos. Los especímenes tipo principales se encuentran digitalizados y disponibles para su consulta en la base de datos en línea de tipos plants.jstor.org y constituyen uno de sus principales patrimonios. El herbario también posee alrededor de 23.000 ejemplares históricos colombianos colectados entre 1919 y 1970 cuya información da cuenta de la flora original de muchas áreas hoy completamente transformadas o degradadas. Por otro lado, posee un número importante de colecciones europeas y norteamericanas del siglo 19 (desde 1821) y principios del siglo 20 recibidas como intercambio en sus años iniciales. Entre los recolectores botánicos históricos se destacan Rafael A. Toro, Andrew Archer, Walter Hodge, Fred A. Barkley, Sigifredo Espinal, Hermano Daniel (y otros hermanos Lasallistas), Gabriel Gutiérrez y Darío Sánchez S. El herbario MEDEL fue institucionalizado por la Facultad de Ciencias mediante Acuerdo 02 Acta 95-05-22 de 1995. Tiene como misión generar conocimiento sobre la diversidad florística de Colombia y en especial la del noroccidente del país, a partir de la preservación, curaduría y continuo enriquecimiento de una colección de especímenes botánicos, material botánico accesorio y bibliografía especializada; contribuyendo con los pilares misionales universitarios de la docencia, investigación y extensión a la sociedad. Hacia el futuro, el Herbario MEDEL pretende consolidarse como uno de los principales herbarios de Colombia con especial representación de flora de zonas de páramo, bosques andinos, bosques secos y plantas de importancia agrícola; en el que todas sus colecciones estarán en condiciones idóneas de preservación, altos niveles de curaduría taxonómica, ingresadas en una base de datos consultable desde la Internet y consolidado como un centro de investigación científica con impacto en la construcción y conservación del patrimonio cultural, social y ambiental del país.